После завершения войны с Сербией в 1999 году косовские албанцы занимались незаконной торговлей человеческими органами, изъятыми у военнопленных и гражданских лиц, в том числе у чехов и россиян. Об этом сообщили чешские СМИ со ссылкой на сербского прокурора Владимира Вукчевича, занимающегося расследованием военных преступлений.

По словам Вукчевича, органы поставлялись в разные страны, включая Турцию и Саудовскую Аравию. Органы отбирались бойцами Армии освобождения Косово.

Представители Оборонного отряда Косово (наследник Армии освобождения) все обвинения отрицают и заявляют, что речь идет о вымысле с пропагандистской целью.
 
Весной 2009 года британский журналист Майкл Монтгомери опубликовал материал, в котором обвинил Гаагский трибунал в уничтожении доказательств торговли человеческими органами в Косово. В настоящее время проверкой этой информации занимается Совет Европы.